Comenzó su carrera profesional en la Fundación para el Desarrollo Sostenible (FUNDES) en Centro América, promoviendo el fortalecimiento de micro y pequeñas empresas en Costa Rica y siendo más adelante directora de FUNDES en Guatemala. Con posterioridad trabajó en México como oficial de proyectos del Programa de Naciones Unidades para el Desarrollo, y en Barcelona como representante para España de la Fundación de origen suizo AVINA. En la actualidad es directora del área de proyectos de la Fundación Ecología y Desarrollo.

Desde 2000, Sandra Benbeniste ha realizado también investigaciones para la Escuela Superior de Administración de Empresas (ESADE) y para la Fundación AVINA sobre economía social, consumo sostenible, responsabilidad social corporativa y sobre buenas prácticas de organizaciones no gubernamentales.