L'“Home de Flores” ha despertat molta curiositat, però també unes discussions enceses sobre la validesa d'aquesta nova espècie humana.

Els seus trets peculiars estan en el centre de les discussions. Per explicar aquestes característiques hi ha dues alternatives: o han evolucionat sota el procés de mutació i selecció com a adaptacions a les condicions d'insularitat, com sostenen els seus defensors, o bé són característiques patològiques associades amb algun tipus de desordre del creixement, com afirmen els seus adversaris.