Després d’uns anys de formació a Anglaterra, va tornar a l’Àfrica. Des de Gàmbia va presentar treballs sobre malària, hepatitis B i sida. Un dels seus treballs més rellevants va ser a principis dels 90, quan va demostrar que l’ús de mosquiteres impregnades d’insecticida reduïa moltíssim el risc de patir malària, i va evitar així milers de morts.

En aquella mateixa època, l’Hospital Clínic va decidir crear un servei d’epidemiologia i Alonso va acceptar ser-ne el responsable si li permetien seguir amb els seus estudis de medicina tropical.

Així va esdevenir director del Centre de Salut Internacional de l’Hospital Clínic-Universitat de Barcelona. Des d’aquí, Pedro Alonso va impulsar la creació del Centre d’Investigació de Salut de Manhiça (CISM) a la província de Maputo, a Moçambic.

El centre es va crear per realitzar el treball de camp i per donar un lloc de formació als metges moçambiquesos. Aquest centre està coordinat per l'Hospital Clínic i rep finançament de l'Agència Espanyola de Cooperació Internacional.